Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte im Jahr 1107, damals trat Adelbero de Wiscilinchoven als Zeuge bei einem Grundstücksgeschäft des Klosters Allerheiligen in Schaffhausen auf. Der Ortsname stammt vom althochdeutschen Wizzilinghofun und bedeutet «bei den Höfen der Sippe des Wizzilo». Am 27. Dezember 1113 schenkten die Edlen von Waldhausen dem Kloster St.Blasien umfangreichen Grundbesitz in der Region. Das Benediktinerkloster richtete daraufhin eine Propstei ein, um den neu erworbenen, aber ziemlich weit entfernt liegenden Besitz zu verwalten. Die Propstei entwickelte sich zum kulturellen und wirtschaftlichen Zentrum und prägte jahrhundertelang die Dorfgemeinschaft.
Schirmherren des Klosters und Inhaber der hohen Gerichtsbarkeit über das Dorf waren zunächst die Grafen von Kyburg, nach deren Aussterben im Jahr 1264 die Habsburger. Die Eidgenossen eroberten 1415 den Aargau und Wislikofen gehörte nun zum Amt Ehrendingen der Grafschaft Baden, einer Gemeinen Herrschaft.
Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Wislikofen wurde eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden, seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau. Die kleine Nachbargemeinde Mellstorf wurde am 1. Januar 1899 eingemeindet. Bis weit ins 20. Jahrhundert hinein blieb die Gemeinde landwirtschaftlich geprägt.
Das Dorfbild von Wislikofen wird durch die im Jahr 1113 gegründete Propstei Wislikofen des Klosters St.Blasien geprägt. 1804 wurde sie säkularisiert und gehörte gemeinsam der Kirchgemeinde und dem Kanton. Da das Gebäude kaum mehr genutzt wurde, verfiel es im Laufe der Zeit. 1962 beschloss das Kantonsparlament sogar den Abriss, doch denkmalschützerische Bedenken schoben den Vollzug dieser Massnahme auf. Die Aufbruchstimmung des Zweiten Vatikanischen Konzils führte zur Eröffnung zahlreicher katholischer Bildungshäuser, auch für die Propstei Wislikofen war eine solche Nutzung vorgesehen. 1973 erwarb die römisch-katholische Landeskirche des Kantons Aargau das Gebäude. Es dient seit 1976 als Seminar- und Bildungszentrum, daneben wird es auch als Hotel und Restaurant genutzt. Daran angegliedert ist die seit 1137 bestehende Pfarrkirche von Wislikofen.
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